La particolare natura del Museo ha indotto a seguire un duplice ordinamento; per materia (disposta cronologicamente) e per destinazione, facendo spazio alle testimonianze della pratica sacramentaria e della devozionalità. Nella composizione di quadreria, statuaria, suppellettile e arredo vario dal VII secolo all’età contemporanea, frutto di artisti di varia levatura (dagli scultori Alvise Casella, Giovanni Martini, Orazio Marinali, ai pittori Pomponio Amalteo, Francesco Guardi, Nicola Grassi, Gianfrancesco da Tolmezzo, Michelangelo Grigoletti ed altri ancora) si è cercato di privilegiare gli attestati di provenienza locale, ricorrendo alle aree geografiche contermini allo scopo di colmare eventuali lacune di carattere iconografico. Risultato di antichi depositi, di donazioni o di affidamento in custodia, il Museo propone le proprie collezioni allestite in modo chiaro ed elegante.